Home Medizin Die umfassende Analyse von mehr als 2 Millionen SARS-CoV-2-Proben erkennt Koinfektionen und Rekombinationen innerhalb des Wirts

Die umfassende Analyse von mehr als 2 Millionen SARS-CoV-2-Proben erkennt Koinfektionen und Rekombinationen innerhalb des Wirts

von NFI Redaktion

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Studienergebnisse zu Koinfektionen und rekombinanten SARS-CoV-2-Stämmen

Studienergebnisse zu Koinfektionen und rekombinanten SARS-CoV-2-Stämmen

In einer aktuellen Studie, veröffentlicht in Naturkommunikation, hat eine Gruppe von Forschern die Prävalenz von Koinfektionen und Intra-Wirt-Rekombinationen in über 2 Millionen weltweiten Fällen des Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) bewertet und Strategien zur genauen Identifizierung und Analyse rekombinanter Stämme entwickelt.

Studie: Systematischer Nachweis von Koinfektion und Intra-Wirt-Rekombination in mehr als 2 Millionen globalen SARS-CoV-2-Proben.

Forscher im Labor

Hintergrund

Das SARS-CoV-2-Virus hat seit Beginn der Coronavirus-Pandemie 2019 (COVID-19) zahlreiche Varianten hervorgebracht. Koinfektionen, bei denen eine Person gleichzeitig mit mehreren Varianten infiziert ist, treten zunehmend auf, auch in milden Fällen. Rekombinante Abstammungslinien wie Omicron XBB-Varianten sind vorherrschend, was auf häufige Koinfektionen schließen lässt. Die Studie untersucht die Dynamik von SARS-CoV-2-Koinfektionen und -Rekombinationen.

Über die Studie

In der Studie wurde die CoVEO-Datenbank genutzt, um Koinfektionsproben vorzufiltern. 2.172.927 Proben wurden auf eindeutige definierende Mutationen von SARS-CoV-2-Virusvarianten untersucht. Eine raffiniertere Ansatz wurde verwendet, um Mutationen zu identifizieren, die stark auf bestimmte Stämme hinweisen. 29.666 potenzielle Koinfektionsproben wurden identifiziert, von denen 7700 am Ende ausgewählt wurden. Die Studie verglich auch die Prävalenz verschiedener Varianten und untersuchte die Verteilung der Koinfektionsproben über verschiedene Studien und Standorte hinweg.

Studienergebnisse

Die Anzahl der identifizierten Koinfektionsproben variierte je nach dem für diese Mutationen festgelegten Schwellenwert. Ein strenger Schwellenwert von 80 % führte zur Identifizierung von 7700 Koinfektionsproben aus über 2,1 Millionen Proben mit einer Koinfektionsrate von 0,35 %. Die häufigsten Koinfektionen betrafen Kombinationen von Delta und Omicron (BA.1), Alpha und Iota sowie anderen Varianten. Die geografische Verteilung der Koinfektionsfälle war zwar weitgehend konsistent, zeigte jedoch Unterschiede, die auf lokale Probenahmestrategien und Sequenzierungsmöglichkeiten zurückzuführen waren.

Die Studie untersuchte auch das Vorhandensein von rekombinanten Proben, identifizierte 13 potenzielle rekombinante Proben, überwiegend aus Delta-Omicron (BA.1)-Koinfektionen. Eine signifikante Korrelation zwischen der Dichte dieser Mutationen und dem Vorhandensein überlappender Lesevorgänge wurde festgestellt. Die Ergebnisse verdeutlichen die Komplexität und Herausforderungen beim Nachweis der Rekombination innerhalb des Wirts bei SARS-CoV-2.

Die Studie zur Analyse von über 2 Millionen Proben auf Koinfektionen und Rekombinanten des SARS-CoV-2-Virus bietet einen robusten Rahmen, der strenge Nachweiskriterien mit den praktischen Herausforderungen einer groß angelegten Genomdatenanalyse in Einklang bringt.

Zeitschriftenreferenz:

Pipek, OA, Medgyes-Horváth, A., Stéger, J. et al. (2024). Systematischer Nachweis von Koinfektion und Intra-Wirt-Rekombination in mehr als 2 Millionen SARS-CoV-2-Proben weltweit. Nat Commun 15, 517. doi: 10.1038/s41467-023-43391-z



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