Im Auftrag des Lebensministeriums hat die NFI in Zusammenarbeit mit den Naturfreunden Österreich in den Jahren 2000 bis 2003 ein österreichweites Projekt zur Förderung von Gewässerpaten aufgebaut, die sich im Rahmen lokaler Projekte für die Erhaltung bzw. Wiederherstellung naturnaher Gewässer engagieren.

Um die Idee der Gewässerpatenschaft Schulen, Gemeinden und NGOs vorzustellen, wurden Arbeitsunterlagen erarbeitet und eine Wanderausstellung gestaltet, in der das Projekt und alle aktuellen Gewässerpatenschaften präsentiert werden. Die Wanderausstellung ist seit März 2001 in ganz Österreich unterwegs.
Im internationalen Jahr des Süßwassers 2003 setzte die NFI gemeinsam mit dem österreichischen Lebensministerium mit der Durchführung des Projekts ‚Wasser in Europa' einen neuen Schwerpunkt. Mit dem Ziel, vor allem Jugendliche mit dem komplexen Thema ‚Wasser in Europa' und der Wasserrahmenrichtlinie der Europäischen Union vertraut zu machen, wurde ein Homepage-Wettbewerb für Jugendliche durchgeführt. Die Gestaltung einer eigenen Homepage sollte für die Jugendlichen Anreiz sein, sich intensiv mit dem Thema zu beschäftigen und eigenständig Informationen zu recherchieren. Durch diese Auseinandersetzung sollte darüber hinaus der Keim für das Interesse an wasserwirtschaftlichen Planungen gelegt werden. Der Höhepunkt des Projekts war die Prämierung der besten drei Homepages durch den österreichischen Lebensminister im Rahmen einer Pressekonferenz.